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更新时间:2024-12-27 04:55:10 点击:2161次

产品型号 BASE Technology
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基本规格
产品类型 返回顶部 基因测序仪
品牌 返回顶部 英国Oxford Nanopore
产地 返回顶部 英国
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技术参数
其他信息
产品简介 Oxford Nanopore Technologies的Hagan Bayley及他的研究小组正致力于改善纳米孔。根据他们之前的工作,他们以a-溶血素来设计纳米孔,并将环式糊精共价结合在孔的内侧(下图)。当核酸外切酶消化单链DNA后,单个碱基落入孔中,它们瞬间与环式糊精相互作用,并阻碍了穿过孔中的电流。每个碱基ATGC以及甲基胞嘧啶都有自己特有的电流振幅,因此很容易转化成DNA序列。每个碱基也有特有的平均停留时间,它的解离速率常数是电压依赖的,+180 mV的电位能确保碱基从孔的另一侧离开。

 


a-溶血素纳米孔(剖面图)以及共价结合的环式糊精(浅蓝色)瞬间结合落入孔中的碱基(红色)。


以往对甲基胞嘧啶进行测序,都要先进行重亚硫酸盐转化,而纳米孔技术能直接读出这第五种碱基。这对表观基因组测序的研究人员来说可谓是个好消息。


纳米孔测序预计能满足大部分测序用户的需求:99.8%的准确性相当高,且错误很容易通过计算来纠正。均聚物延伸也没有问题,因为纳米孔记录每一个碱基,而不管其前后的碱基。读长也会很长。Bayley认为:“它有可能读取数千个碱基,序列质量也不会下降。即使中途有一些小差错,它也可以重新开始。”


但是,Oxford Nanopore的测序仪仍面临两个重要的技术问题。一是如何将核酸外切酶更好地附着在孔上,让它每次只掉入一个碱基,这是一个大挑战。另一个是并行化。这个问题可能简单一些。他们可以开发出一个芯片,上面有数万个孔,来确保整个测序过程更快速。


在纳米孔测序技术的推动下,实现千元基因组的目标指日可待了。
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